Почему microbiome NGS начинается с sample prep

Microbiome NGS закупка зависит от типа образца: soil, water, filters, swabs, stool или другие matrices. Ошибка на этапе sample prep может повлиять на весь downstream workflow, поэтому в заявке нужно связать extraction kit, cleanup, library prep, indexes и sequencing-related позиции.

Если лаборатория повторяет предыдущий проект, лучше идти от прошлой спецификации. Если проект новый, сначала нужно описать matrix, target, NGS workflow и количество образцов.

Что уточнить по образцу и NGS

Для microbiome workflow важно разделить sample prep и library prep.

Проверьте:

  • sample type и matrix;
  • PowerSoil, PowerWater или другой extraction workflow;
  • DNA input и downstream NGS method;
  • targeted sequencing, metagenomics или другой формат;
  • library prep, panels, indexes и adapters;
  • cleanup и controls;
  • Cat. no. и количество реакций.

Как разложить microbiome NGS на строки

Microbiome-заявка становится понятнее, если ее собрать по этапам проекта. Это особенно важно, когда в одном заказе есть PowerSoil/PowerWater, PCR/qPCR, QIAseq и cleanup.

Пример структуры:

  • Sample matrix: soil, water, filter, swab, stool или другой тип образца.
  • Extraction: PowerSoil, PowerWater или другой sample prep kit с Cat. no.
  • Контроль качества или amplification: PCR/qPCR позиции, если они нужны до NGS.
  • Library prep: QIAseq kit, panel или другой NGS-набор.
  • Indexes/adapters: отдельные SKU, если они не входят в выбранный kit.
  • Cleanup/consumables: позиции, без которых workflow не запускается.
  • Документы и условия: требования к приемке, хранению и применению.

Если проект повторяется, лучше брать структуру из прошлой спецификации. Если меняется matrix или sequencing method, старые артикулы нужно пересмотреть вместе с лабораторией.

Связь с PCR/qPCR

В microbiome проектах иногда рядом с NGS используются PCR/qPCR этапы. Если они закупаются вместе, укажите их отдельными строками: extraction, PCR/qPCR reagents, library prep, indexes и cleanup.

Такой список помогает не смешать sample prep наборы с QIAseq и не потерять расходные позиции.

Документы и совместимость

Протоколы, условия хранения, input requirements, ограничения применения и совместимость library prep нужно сверять по документации производителя для конкретного SKU.

Внутренние ссылки

FAQ

Можно ли начать microbiome NGS закупку с QIAseq?

Можно, если sample prep уже закрыт. Но для полного workflow лучше указать extraction, cleanup, library prep и indexes.

PowerSoil и PowerWater взаимозаменяемы?

Не автоматически. Нужно сверять sample matrix и документацию производителя.

Нужно ли указывать sample matrix?

Да. Soil, water и другие samples могут вести к разным наборам и расходникам.

Где указать indexes?

Отдельными строками рядом с library prep позициями, если они закупаются отдельно.

Что делать при повторной закупке?

Используйте прошлые Cat. no., количество и пометку о замене только после согласования.

CTA

Для sample prep откройте PowerSoil и PowerWater. Для NGS-этапа продолжайте в QIAseq Library Prep.

Следующий шаг

Перейти от материала к закупке

Найдите нужную товарную группу в каталоге или добавьте известные Cat. no. через быстрый заказ.

Быстрый заказ Открыть каталог